กฎบัตรอาเซียน ซึ่งเปรียบเสมือนกฎหมายสูงสุดของอาเซียน ซึ่งมีผลบังคับ
ใช้ตั้งแต่วันที่ 15 ธันวาคม 2551 เป็นเอกสารหลักที่กำหนดโครงสร้าง
องค์กรของอาเซียน ไว้ในหมวดที่ 4 ดังนื้

1. ที่ประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit)
ที่ประชุมสุดยอดอาเซียน (ASEAN Summit) ประกอบด้วย ประมุขหรือหัวหน้ารัฐบาล มีอำนาจหน้าที่ในการกำหนด
นโยบายสูงสุดและ แนวทางความร่วมมือของอาเซียน และตัดสินใจในเรื่องสำคัญ โดยให้ประเทศสมาชิกซึ่ง
เป็นประธานอาเซียนเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม 2 ครั้งต่อปี หรือเรียกประชุมพิเศษหรือเฉพาะกิจเมื่อมีความจำเป็น
2. คณะมนตรีประสานงานอาเซียน (ASEAN Coordinating Councils : ACCs) คณะมนตรีประสานงานอาเซียน ประกอบด้วยรัฐมนตรีต่างประเทศของประเทศสมาชิกอาเซียน ทำหน้าที่เตรียมการประชุมสุดยอดอาเซียน ประสานงานความตกลงและข้อตัดสินใจของที่ประ ชุมสุดยอดอาเซียน ประสานงานระหว่าง 3 เสาหลัก ดูแลการดำเนินงานและกิจการต่างๆ ของอาเซียนในภาพรวม คณะมนตรีประสานงานอาเซียนจะมีการประชุม
กันอย่างน้อย 2 ครั้งต่อปี
3. คณะมนตรีประชาคมอาเซียน (ASEAN Community Councils) คณะมนตรีประชาคมอาเซียนประกอบด้วย
คณะมนตรีประชาคม 3 เสาหลัก อันได้แก่คณะมนตร ีการเมืองและความมั่นคงอาเซียน คณะมนตรีประชาคม
เศรษฐกิจอาเซียน และคณะมนตรีประชา คมสังคมและวัฒนธรรมอาเซียนเป็นผู้แทนที่ประเทศสมาชิกแต่งตั้งให้เป็นผู้รับผิดชอบแต่ละเสาหลัก
มีอำนาจหน้าที่ในการประสานงานและติดตามการทำงานตามนโยบาย โดยเสนอรายงานและ
ข้อเสนอแนะต่อที่ประชุมผู้นำ มีการประชุมอย่างน้อยปีละ 2 ครั้ง ประธาน การประชุมเป็นรัฐมนตรีที่เหมาะสมจากประเทศสมาชิกซึ่งเป็นประธานอาเซียน
4. องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียนเฉพาะสาขา (ASEAN Sectoral Ministerial Bodies) องค์กรระดับรัฐมนตรีอาเซียน
เฉพาะสาขา(เช่น ด้านสาธารณสุข ด้านกลาโหม ด้านการศึกษา ฯลฯ) ประกอบด้วยรัฐมนตรีเฉพาะสาขา
มีหน้าที่ปฏิบัติตามข้อตกลง และข้อตัดสินใจของที่ประชุมสุดยอดอาเซียนที่อยู่ในขอบข่ายการดำเนินงานของตน
และเสริมสร้างความร่วมมือในสาขาของแต่ละองค์กรให้เข้มแข็งขึ้น เพื่อสนับสนุนการรวมตัวของประชาคมอาเซียน