1. ประเทศสมาชิกอาเซียน มีสภาพภูมิศาสตร์คล้ายคลึงกัน จึงมีสินค้าเกษตรหรือแร่ธาตุที่คล้ายคลึงกัน บางครั้งจึงมีการแย่งตลาดกันเอง และสินค้าส่วนใหญ่เป็นผลผลิตทางการเกษตรที่ยังไม่ได้แปรรูป ทำให้ราคา
สินค้าตกต่ำโยบายเขตการค้าเสรีในภูมิภาคนี้จึงดำเนินไปอย่างช้ามากจะแก้ไขปัญหานี้ได้จะต้อง
มีการแบ่งการผลิตตามความ ถนัดของแต่ละประเทศแล้วนำมาแลกเปลี่ยนกันจึงจะเกิดการรวมกลุ่มกันได้ แต่ถ้าต่างคนต่างผลิตโดยไม่มีการกำหนดมาตราฐานร่วมกันในการวางแผนการผลิตก็ถือว่าเป็นปัญหาใหญ่
ในการรวมกลุ่ม
2. สินค้าอุตสาหกรรมในกลุ่มอาเซียนนั้นก็เป็นอุตสาหกรรมประเภทเดียวกัน แต่ละประเทศต่างก็มุ่งจะพัฒนาประเทศให้เป็นประเทศที่พัฒนาแล้วตามแบบอย่างตะวันตก จึงต้องมีการจัดซื้อเทค
โนโลยีชั้นสูง ประเทศในกลุ่มอาเซียนที่พอจะผลิตสินค้าเทคโนโลยีได้ก็คือสิงคโปร์ แต่ประเทศสมาชิกก็เกี่ยงว่ายัง
ไม่มีคุณภาพ จึงจำเป็นที่จะต้องพึ่งพาสินค้าจากประเทศอุตสาหกรรมนอกกลุ่มอาเซียน ทำให้การค้าขายระหว่างกันในกลุ่มอาเซียนทำได้ยาก วิธีการแก้ไขจะต้องมีการแบ่งงานกันทำและยอมรับสินค้าประเทศในภูมิภาคเดียวกัน รวมทั้งจะต้องมีการพัฒนาคุณภาพสินค้าภายในกลุ่มประเทศอาเซียนให้ดีขึ้น
3. ประเทศในอาเซียนพยายามพัฒนาอุตสาหกรรมภายในประเทศเพื่อทดแทนการนำเข้า แต่ละประเทศพยายามส่งเสริม
พัฒนา และคุ้มครองอุตสาหกรรมในประเทศตน โดยการใช้กำแพงภาษีหรือกำหนดโควต้า ซึ่งสวนทางกับหลักการในการรวมกลุ่มและตลาดการค้าเสรี ซึ่งเป็นประเทศสมาชิกมารวมกลุ่มกันต้องยกเลิกข้อเลือกปฏิบัติทางการค้าระหว่างประเทศเพื่อก่อให้เกิดการค้าเสรี
(Free Trade) ดังนั้นข้อตกลงใน AFTA ของอาเซียนหลายข้อจึงยังไม่ได้รับการปฏิบัติ
4. ประเทศสมาชิกยังคงปกป้องผลประโยชน์แห่งชาติของตนเป็นหลัก และการหารายได้เข้าของรัฐประเทศในอาเซียนมีลักษณะเหมือนกัน คือรายได้หลักของประเทศมาจากการเก็บภาษีศุลกากรสินค้าขาเข้าและขาออก ซึ่งการรวมกลุ่มเป็นประชาคมอาเซียนให้ยกเลิกการเก็บภาษีระหว่างกันหรือเก็บภาษีให้น้อยลง แต่ประเทศสมาชิกไม่สามารถสละรายได้ในส่วนนี้ได้ เนื่องจากเป็นเงินที่ต้องนำมาพัฒนาประเทศ การรวมกลุ่มเพื่อให้เกิดการค้าเสรีระหว่างประเทศในภาคีจึงยังทำได้ยาก
5. ความแตกต่างกันทางการเมืองและการปกครอง กฎบัตรอาเซียนได้กำหนดไว้ชัดเจนถึงหลักการประชาธิปไตยและให้ประเทศสมาชิกยึดมั่นต่อรัฐบาลที่มา
จากวิถีทางรัฐธรรมนูญการสร้างประชาคมความมั่นคงอาเซียนก็จะช่วยยกระดับความร่วมมือในการ
ส่งเสริมประชาธิปไตย ของแต่ละประเทศอันมีผลต่อความสงบเรียบร้อยทางการเมืองในภูมิภาคด้วย แต่การปกครองของประเทศสมาชิกอาเซียนมีหลากหลายรูปแบบ ประกอบด้วย
5.1 แบบประชาธิปไตยในระบบรัฐสภา มี 4 ประเทศ คือ ไทย กัมพูชา สิงคโปร์ และ มาเลเซีย
5.2 ประชาธิปไตยในระบบประธานาธิบดี 2 ประเทศ คือ อินโดนีเซีย และฟิลิปปินส์
5.3 เผด็จการสังคมนิยมคอมมิวนิสต์ 2 ประเทศ คือ ลาวและเวียดนาม
5.4 เผด็จการทหาร 1 ประเทศ คือ เมียนมาร์ หรือพม่า
5.5 สมบูรณาญาสิทธิราชย์ 1 ประเทศ คือ บรูไน
สมาชิกในกลุ่มอาเซียนมีความแตกต่างกันอย่างเห็นได้ชัด สมาชิกบางประเทศยังมีปัญหาด้านความเป็นประชาธิปไตย และยังปกครองในรูปแบบเผด็จการและต้องการรักษาอำนาจของตนไว้ ทำให้อาเซียนพัฒนาได้อย่างยากลำบาก
6. ความขัดแย้งระหว่างประเทศอาเซียน ประเทศสมาชิกในกลุ่มอาเซียนยังมีปัญหาความขัดแย้งระหว่างประเทศอยู่ เช่น ปัญหาพรมแดนระหว่างประเทศไทย – กัมพูชา ปัญหาพรมแดนระหว่าง มาเลเซีย – ฟิลิปปินส์ – อินโดนีเซีย
7. ความแตกต่างด้านสังคมและวัฒนธรรม ภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้เป็นดินแดนซึ่งมีความหลากหลายทางเชื้อชาติ ศาสนา โดยสามารถแบ่งกลุ่มประเทศตามศาสนาที่ประชากรส่วนใหญ่ ของประเทศนับถือได้ ดังนี้
– ประเทศที่ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาอิสลาม คือ บูรไน อินโดนีเซีย และมาเลเซีย
– ประเทศที่ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาพุทธ คือ กัมพูชา ลาว พม่า เวียดนาม สิงคโปร์ และประเทศไทย
– ส่วนในฟิลิปปินส์ประชากรส่วนใหญ่นับถือศาสนาคริสต์
นอกเหนือจากความแตกต่างทางศาสนาแล้ว ปัญหาชนกลุ่มน้อยที่มีจำนวนมาก ซึ่งแน่นอนว่าย่อมจะมีความแตกต่างทางความเชื่อ วิถีชีวิต ภาษา ขนบธรรมเนียมประเพณีและวัฒนธรรม ก็เป็น อุปสรรคต่อการหลอมรวมสร้างความเป็นหนึ่งเดียว